Ancud fut un port international jusqu'au debut du 20e siècle. La ville a été fondée en 1768 comme port et forteresse pour garder l'île, et fut déclarée capitale politique et militaire du territoire insulaire dû à son excellente localisation. Durant la République, elle fut attaquée sans répit en 1820 par Lord Cochrane, puis en 1824 par le general Freire, celui même qui réussi à vaincre le general espagnol Antonio Quintanilla durant les batailles de Pudeto et Bellavista.
C'est à Ancud que fut organisée l'expédition ayant pour but la colonisation du Détroit de magella en 1843.

Durant cette époque, les navires des mers du sud et les baleiniers mouillaient dans le port de la ville.

L'apogée du commerce du bois à la fin du 19e siècle produit un grand développement urbain qui coincide avec la venue d'immigrants européens.
En 1982, Ancud perd son titre de capitale au profit de castro.